1、裂源性肛瘘。肛裂部位继发感染蔓延而形成瘘管，肛裂位置低可形成皮下瘘，这属于陈旧性肛裂常见并发症，一般发生在肛门前后正中位。

2、痔源性肛瘘。此类肛瘘是因为血栓痔感染所引起的，一般是皮下瘘。因为混合痔血栓形成感染而导致的肛瘘内口集中在齿线位痔体两侧。

3、医源性肛瘘。医源性肛瘘是因为肛门直肠检查或做手术治疗导致的感染蔓延扩散。主要是因为肛腺受到损伤或分泌不流畅所导致的感染继发，最常见的是错误的结扎痔核或缝线在齿线位导致的。

4、腺源性肛瘘。肛隐窝内肛腺受到感染时，会沿着肛管直肠肌肉和软组织间隙蔓延且扩散，从而形成开口或不开口的瘘道。向下可形成低位肛瘘，向上超过肛直环时可形成高位肛瘘。抵抗力和免疫力下降、大便干结、腹泻以及疲劳是其诱因，只要积极治疗就能彻底缓解，不必太担心。

5、囊源性肛瘘。囊源性肛瘘是因为肛门直肠周围间隙内囊性肿物生长过快和肠蠕动挤压，囊壁会移动到肛管直肠交接最薄弱的部位，抵抗力下降时会诱发感染，从而形成囊性瘘道。因为内壁有上皮组织没有完全被去除，所以一次性手术不能彻底治愈。

6、肠源性肛瘘。肠源性肛瘘是因为患有慢性炎性肠病所引起的。最常见的是克隆氏病和溃疡性直肠炎，当溃疡感染时可波及直肠壁下而形成瘘道，一直延续到肛门周围，治愈起来比较困难。

7、伤源性肛瘘。因为误吞鸡骨或鱼骨等坚硬食物，排便时肛管周围组织会受到刺激，或异物直接刺穿肛管直肠周围组织，从而引起感染扩散蔓延，最终形成肛瘘。